宋咸平二年（999），永嘉僧全了祖师创建，初名常云院。因院东北有常云峰而得名。

咸平四年（1001）院僧居悦（《萧台清音》作成悦）向朝廷进百宝塔，赐名承天寺。

元祐七年（1092）承天寺子庵嘉福院铸造大铁镬一口，重三万七千斤。

政和七年（1117），因禁中（皇城）有承天寺，遂改名能仁寺。

绍兴十二年（1142），因知州闾邱昕上奏改禅寺，赐额。

此时能仁寺缁素云集冠盖络绎，有寺僧三百，香客游者“日食千人”。与杭州上、下天竺、宁波白莲寺同为教院五山，成为全国三十座著名寺院之一。

这一年，释士珪奉敕入主能仁寺。其徒惧行规法，深夜放火，使能仁寺成为瓦砾之墟。士珪就树缚屋，升座示众，云：“爱闲不打鼓，投老来看雁荡山。杰阁危楼浑不见，溪边茅屋两三间。还有共相出手者么？”喝一喝，下座。听法檀施并力营建，末几复成宝坊。

约绍兴二十六年（1156）前后，太守郡王昊益“请为奉先地”，将能仁寺占为家庙，改名为“时思荐福”。寺

绍兴二十八年（1158）前后，释景宣主持能仁寺。

释从瑾主持能仁寺。

知州曾逮撰《诏复能仁寺记》

王十朋作《能仁寺赐额》诗：“不到能仁久，欣闻赐额还，浮云已过眼，依旧好青山”。

能仁寺复又转盛，有外国僧侣来寺中取经学法。

景炎元年（1276），释无学祖元入主能仁寺。宋祥兴二年，元至元十六年（1279）,无学祖元大师应邀东渡扶桑，在日本开创佛光派。

约泰定至正初（1324—1341），李孝光作《能仁寺东渡记》，中有“浩上人迎舍东庵”之句。

至正二十六年（1366）遭兵燹，被毁。未几复建。

明洪武二十四年（1391）年，立成丛林。

明处，释永升著《雁山集》一卷。

洪武三十一年（1398）释坛竺重修殿宇。

成化二十年（1484）八月，能仁寺十八代主持善胜，主持重建天柱寺。至二十二年（1486）年十月十五日完工。

万历六年（1578）督抚徐栻重建能仁寺。

万历十四年（1604），巡抚尹应元扩建能仁寺山门，殿宇及两庑，“制度宏敝，丹垩焕然，复成胜观矣”。

释大观慧住持能仁寺。

释卧云智从大观慧在能仁寺得法卧云智后于天启年间（1621—1627）重建罗汉寺。

明崇祯间（1628——1644）寺僧凝然擅长丹青，有嵩山少林寺僧别山不辞跋涉千山万水之苦，来到能仁寺向凝然师请教画梅技法，由是技艺大进，成为花梅国手，号“东风第一枝”。据盛笃周老师考证，凝然所画梅花，曾被崇祯帝挂在御书殿中，并得到嘉奖。

清顺治九年（1676）僧汉梅重建能仁寺，五十年（1711）再建大殿。

乾隆十七年（1752）僧祖胜修葺能仁寺，重结晶大殿。

乾隆十九年（1754）能仁寺僧指南上人作《雁荡山志》，请学使雷鋐作序未果。

嘉庆四年，学使阮元至能仁寺，作《晓过四十九盘岭至能仁寺》诗。

1920年能仁寺被改为林木公司。

民国十五年（1926）至民国二十三年（1934），僧谛闲大师，成圆重建能仁寺。

文革间（1966——1978），能仁寺被毁，仅存一大镬，僧人遣散。